Chương trình trên được thực hiện từ năm 2016 đến năm 2020 với tổng kinh phí 535 tỷ đồng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có các dự án, cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng thuộc đối tượng hỗ trợ của Chương trình theo các Quyết định: số 1788/QĐ-TTg ngày 1/10/2013; số 1946/QĐ-TTg ngày 21/10/2010; số 57/2008/QĐ-TTg ngày 29/4/2008; số 1435/QĐ-TTg ngày 18/8/2014; số 174/2006/QĐ-TTg ngày 28/7/2006; số 187/2007/QĐ-TTg ngày 3/12/2007 và các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có các điểm tồn lưu hóa chất bảo vệ thực vật mới phát sinh đang gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng và đặc biệt nghiêm trọng, ảnh hưởng đến sức khỏe người dân và sự phát triển kinh tế xã hội của đất nước.
Mục tiêu tổng quát của Chương trình nhằm xử lý, khắc phục ô nhiễm, cải thiện và phục hồi chất lượng môi trường tại các cơ sở, khu vực công ích, các điểm tồn lưu do hóa chất bảo vệ thực vật, nước thải từ các đô thị loại II trở lên đang gây suy thoái, ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, nhằm ngăn chặn, phòng ngừa ô nhiễm môi trường, bảo đảm sức khỏe cộng đồng và góp phần vào sự nghiệp phát triển bền vững của đất nước.
Mục tiêu cụ thể phấn đấu đến năm 2020, xử lý ô nhiễm môi trường của 30 bãi rác, bãi chôn lấp không hợp vệ sinh đang gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng theo Quyết định số 1788/QĐ-TTg ngày 1/10/2013 của Thủ tướng Chính phủ, nhằm khắc phục ô nhiễm, giảm thiểu suy thoái, cải tạo và phục hồi môi trường.
Thu gom, tiêu hủy thuốc, hóa chất bảo vệ thực vật, bao bì tồn lưu và cải thiện, phục hồi môi trường đối với 70 điểm tồn lưu bị ô nhiễm môi trường nghiêm trọng và đặc biệt nghiêm trọng do hóa chất bảo vệ thực vật, bao bì tồn lưu gây ra; đầu tư xây dựng 3 dự án xử lý nước thải sinh hoạt tại nguồn từ các đô thị loại IV trở lên, xả trực tiếp ra 3 lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy, sông Cầu và hệ thống sông Đồng Nai.