Hai bên bày tỏ vui mừng trước những bước phát triển thực chất của quan hệ giữa hai nước, thể hiện qua việc hai bên vừa ký kết một loạt các văn kiện hợp tác trong các lĩnh vực y tế, giáo dục, phát triển nguồn nhân lực, tài chính ngay trước Hội đàm Cấp cao Việt Nam - Nhật Bản.
Hai Thủ tướng nhất trí tiếp tục tăng cường sự tin cậy chính trị thông qua việc duy trì các chuyến thăm và tiếp xúc cấp cao. Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc mời Thủ tướng Abe thăm lại Việt Nam, dự Hội nghị cấp cao ASEAN trong năm Việt Nam là Chủ tịch ASEAN 2020. Thủ tướng Abe cảm ơn và vui vẻ nhận lời. Hai bên nhất trí tiếp tục tăng cường hợp tác về quốc phòng, an ninh, trong đó có hợp tác trong khuôn khổ ADMM .
Hai Thủ tướng hoan nghênh việc hai bên đã thống nhất về các thủ tục để cho phép nhập khẩu quả vải của Việt Nam và quả táo của Nhật Bản. Việt Nam đề nghị Nhật Bản xem xét sớm cho phép nhập khẩu đối với quả nhãn, vú sữa, chanh leo, hỗ trợ Việt Nam nâng cao chất lượng nông sản, phát triển nông nghiệp công nghệ cao. Phía Nhật Bản đề nghị Việt Nam cho phép nhập khẩu cam của Nhật Bản.
Hai bên nhất trí tiếp tục phối hợp chặt chẽ để triển khai hiệu quả các dự án hợp tác ODA của Nhật Bản tại Việt Nam, thúc đẩy hợp tác theo hình thức hợp tác công tư (PPP). Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc khẳng định, Việt Nam sẽ tiếp tục nỗ lực để xây dựng môi trường đầu tư thông thoáng, minh bạch, thuận lợi hơn nữa.
Hai Thủ tướng hoan nghênh việc hai nước đã ký kết Bản ghi nhớ hợp tác về khung pháp lý cơ bản để thực hiện đúng chương trình “Lao động kỹ năng đặc định”, nhất trí hợp tác để triển khai hiệu quả Bản ghi nhớ. Hai nhà lãnh đạo hoan nghênh hai nước ký Hiệp định chuyển giao người bị kết án tù, nhất trí thúc đẩy đàm phán Hiệp định tương trợ tư pháp về hình sự, tăng cường hợp tác y tế thông qua Sáng kiến sức khỏe Châu Á. Hai nhà lãnh đạo cũng đã trao đổi về các vấn đề quốc tế và khu vực cùng quan tâm, trong đó có vấn đề Biển Đông.
Thủ tướng Abe khẳng định Nhật Bản sẽ tích cực hỗ trợ Việt Nam đào tạo cán bộ, đào tạo nghề, nâng cao năng lực cạnh tranh, năng suất lao động, cải cách hành chính, xây dựng Chính phủ điện tử hướng đến Chính phủ số, nền kinh tế số và xã hội số, đối phó với biến đổi khí hậu... Ông chúc mừng Việt Nam được bầu là Ủy viên không thường trực Hội đồng bảo an Liên Hợp Quốc nhiệm kỳ 2020-2021 với số phiếu cao; hai bên nhất trí tăng cường phối hợp tại các diễn đàn khu vực và quốc tế, thúc đẩy quan hệ giữa ASEAN, khu vực sông Mekong với Nhật Bản trong bối cảnh Việt Nam sẽ là Chủ tịch ASEAN năm 2020. Hai bên nhất trí phối hợp để thực thi hiệu quả Hiệp định Đối tác Toàn diện và Tiến bộ xuyên Thái Bình Dương (CPTPP), hợp tác thúc đẩy sớm kết thúc đàm phán Hiệp định đối tác kinh tế toàn diện khu vực (RCEP).