Nguồn tin tại TAND cấp cao TP HCM cho biết, lãnh đạo Tòa này đã quyết định kháng nghị giám đốc thẩm của TAND Cấp cao tại TP.HCM đề nghị Ủy ban Thẩm phán TAND Cấp cao tại TP.HCM hủy bản án phúc thẩm của TAND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu, yêu cầu xét xử phúc thẩm lại theo đúng pháp luật.
Văn bản Kháng nghị giám đốc thẩm của TAND Cấp cao tại TP HCM nêu rõ: Bản án mà TAND tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu xử chưa nghiêm minh, chưa đúng tính chất và mức độ, hành vi phạm tội của bị cáo Nguyễn Khắc Thủy, gây bức xúc trong dư luận. TAND Cấp cao tại TP HCM yêu cầu Ủy ban Thẩm phán xử giám đốc thẩm theo hướng hủy bản án phúc thẩm của TAND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu.
Trong một diễn biến liên quan, TAND Tối cao đã yêu cầu TAND tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu tạm đình chỉ công tác đối với Chủ tọa phiên tòa xét xử phúc thẩm vụ án Dâm ô đối với trẻ em ở Vũng Tàu là thẩm phán Huỳnh Ngọc Thiện.
Sau khi mẹ bé T. làm đơn tố cáo Nguyễn Khắc Thủy và truyền thông vào cuộc, đã có thêm vài em bé đứng ra tố cáo Thủy đã có các hành vi xâm hại các em nhiều lần. Tháng 8/2016, Cơ quan Cảnh sát Điều tra CA TP Vũng Tàu ra quyết định khởi tố vụ án Dâm ô đối với trẻ em.
Ngày 27/3/2017, ông Nguyễn Quang Long, Chánh văn phòng Viện KSND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu xác nhận, Viện KSND TP Vũng Tàu đã phê chuẩn quyết định khởi tố bị can đối với ông Nguyễn Khắc Thủy. Cơ quan CSĐT Công an TP Vũng Tàu tiếp tục điều tra về hành vi dâm ô với trẻ em.
Kết luận điều tra của Cơ quan Điều tra Công an TP Vũng Tàu cho biết: "Trong quá trình điều tra, bị can Nguyễn Khắc Thủy không chịu nhận tội đã gây ra rất nhiều khó khăn cho công tác điều tra. Tuy nhiên, căn cứ vào tài liệu, chứng cứ đã thu thập được đã đủ căn cứ để buộc tội Thủy. Việc Thủy không nhận tội không ảnh hưởng đến việc xác định hành vi phạm tội của Thủy, không ảnh hưởng đến việc kết luận điều tra vụ án. Đề nghị Viện Kiểm sát Nhân dân TP Vũng Tàu, Tòa án Nhân dân TP Vũng Tàu xét xử hành vi phạm tội của Thủy thật nghiêm minh theo quy định của pháp luật".
Kết luận điều tra của Cơ quan Điều tra Công an TP Vũng Tàu đã liệt kê ra 4 trường hợp cụ thể. Tuy nhiên, theo Cơ quan điều tra, với các căn cứ vào tài liệu, các chứng cứ thu thập được trong quá trình điều tra có đủ căn cứ để xác định bị can Nguyễn Khắc Thủy đã có hành vi dâm ô đối với cháu T.H.A và cháu N.A.D. Riêng đối với các vụ việc khác, trong đó có bé T.N.T, con gái của chị Trần Thị Thu Thủy, cơ quan điều tra "xét thấy chưa đủ chứng cứ để buộc tội Nguyễn Khắc Thủy nên cơ quan điều tra đã tách riêng để tiếp tục điều tra, nếu thu thập được thêm chứng cứ sẽ xem xét, xử lý sau theo quy định của pháp luật".
Tại phiên toà sơ thẩm ngày 17/11/2017, HĐXX TAND TP Vũng Tàu công bố bản án dành cho bị cáo Nguyễn Khắc Thủy với mức án 3 năm tù giam về tội Dâm ô đối với trẻ em. Tuy nhiên, trong phiên tòa phúc thẩm diễn ra vào sáng ngày 11/5/2018, TAND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu đã chỉ chấp nhận 1 phần bản án của TAND TP Vũng Tàu. Theo đó, HĐXX cho rằng chưa đủ cơ sở để xác định bị cáo Nguyễn Khắc Thủy đã có hành vi dâm ô đối với cháu T.H.A. HĐXX chấp nhận xác định tội danh bị cáo Nguyễn Khắc Thủy dâm ô đối với trẻ em ở trường hợp cháu N.A.D
TAND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu đã tuyên Nguyễn Khắc Thủy 18 tháng tù cho hưởng án treo, thử thách 36 tháng. Ngay sau khi phiên tòa kết thúc, làn sóng phản đối của dư luận được đẩy lên mạnh mẽ. Vụ án này đã được báo PNVN theo sát tiến trình điều tra trong suốt 2 năm qua.