Theo đó, hàng năm, các hồ Sơn La, Hòa Bình, Thác Bà, Tuyên Quang, Lai Châu, Bản Chát và Huội Quảng trên lưu vực sông Hồng phải vận hành theo nguyên tắc thứ tự ưu tiên.
Cụ thể, trong mùa lũ phải đảm bảo an toàn tuyệt đối cho các công trình thủy điện, không được để mực nước các hồ chứa vượt cao trình mực nước lớn nhất thiết kế với mọi trận lũ nhỏ hơn hoặc bằng lũ thiết kế tần suất 0,01% đối với các hồ Hoà Bình và Thác Bà; mực nước lớn nhất kiểm tra PMF đối với hồ Lai Châu, Sơn La và lũ kiểm tra tần suất 0,02% đối với các hồ Tuyên Quang, Bản Chát và Huội Quảng.
Bên cạnh đó, đảm bảo an toàn cho đồng bằng Bắc Bộ với các trận lũ tại Sơn Tây có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 300 năm, giữ mực nước sông Hồng tại Hà Nội không vượt quá cao trình 13,1m; đảm bảo an toàn cho thủ đô Hà Nội với các trận lũ tại Sơn Tây có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 500 năm, giữ mực nước sông Hồng tại Hà Nội không vượt quá cao trình 13,4m; trên cơ sở đảm bảo an toàn công trình và an toàn chống lũ cho hạ du, điều hành để phát điện có hiệu quả cao nhất.
Trong mùa cạn, đảm bảo an toàn công trình; đảm bảo dòng chảy tối thiểu trên sông và nhu cầu sử dụng nước tối thiểu ở hạ du; đảm bảo tối ưu hiệu quả phát điện.
Để giảm thiểu nguy cơ gây thiệt hại đến công trình đầu mối, công trình đê điều, kết cấu hạ tầng, phương tiện giao thông thủy, sạt lở bờ sông và ảnh hưởng đến sản xuất của nhân dân ở hạ du, quy định việc vận hành xả lũ các hồ như sau: Hồ Hoà Bình đóng, mở lần lượt 6 cửa xả đáy đầu tiên, mỗi cửa cách nhau 6 giờ, các cửa tiếp theo có thể đóng, mở nhanh hơn; hồ Tuyên Quang đóng, mở lần lượt 4 cửa xả đáy đầu tiên, mỗi cửa cách nhau 6 giờ, các cửa tiếp theo có thể đóng, mở nhanh hơn.
Đối với thời kỳ xả hiệu chỉnh vào cuối mùa lũ, cho phép thời gian đóng, mở cửa xả đáy cuối cùng nhanh hơn, tùy theo lưu lượng nước đến hồ. Khi xả lũ khẩn cấp đảm bảo an toàn công trình, được phép đóng, mở cấp tốc các cửa xả, thời gian đóng mở các cửa xả thực hiện theo quy định thao tác của thiết bị trong quy trình vận hành đơn hồ.
Trong mùa cạn (từ 16/9 đến 14/6 năm sau), các hồ Hòa Bình, Thác Bà, Tuyên Quang phối hợp vận hành nhằm đảm bảo duy trì mực nước tại Trạm thủy văn Hà Nội không thấp hơn 2,2 m trong các đợt xả nước gia tăng. Các hồ Sơn La, Lai Châu, Bản Chát và Huội Quảng phối hợp vận hành xả nước bổ sung cho hồ Hòa Bình.
Trong thời gian vận hành các hồ chứa, căn cứ vào mực nước hồ hiện tại và dự báo dòng chảy đến hồ trung bình 10 ngày tới để điều chỉnh vận hành sao cho mực nước hồ không nhỏ hơn giá trị tại các thời điểm quy định.