Theo đó, báo cáo của VKSND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu đã gửi khẩn cấp lên phòng nghiệp vụ VKSND Cấp cao tại TPHCM và vụ nghiệp vụ VKSND Tối cao. VKSND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu khẳng định cáo trạng của VKSND TP Vũng Tàu và bản án sơ thẩm đã tuyên đúng người, đúng tội, không oan sai. Đồng thời, khi lượng hình cấp sơ thẩm cũng đã cân nhắc những tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ mà tuyên 3 năm tù giam đối với bị cáo Thủy. Ở phiên phúc thẩm, VKSND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu đã bảo lưu quan điểm truy tố của cấp sơ thẩm. VKSND tỉnh này đã đề nghị giám đốc thẩm vụ án
Luật sư Trần Thị Ngọc Nữ, Chi hội trưởng Hội Bảo vệ quyền trẻ em TPHCM, chiều tối 13/5/2018 đã cho PNVN biết: "Nếu bị cáo Thủy đã bị kết án dâm ô đối với trẻ em, thì việc hưởng 18 tháng án treo là không đúng luật". Luật sư Nữ cũng cho biết, Hội Bảo vệ quyền trẻ em Việt Nam chắc chắn sẽ có văn bản gửi Tòa án Tối cao xem xét lại vụ án này.
Như báo Phụ Nữ Việt Nam đã đưa tin, vào giữa năm 2016 chị Trần Thị Thu Thủy, mẹ bé T.N.T, 6 tuổi đã làm Đơn tố cáo ông Nguyễn Khắc Thủy, sinh năm 1940, ngụ tại chung cư Lakeside Vũng Tàu (tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu), nhiều lần dâm ô bé T. Người đàn ông nước ngoài là anh ViJay sống tại chung cư này vào năm 2014 cũng đã từng nhìn thấy trực tiếp ông Nguyễn Khắc Thủy có hành vi dâm ô em bé khác 5 tuổi tại khuôn viên của chung cư. Anh ViJay ngay thời điểm này đã chụp hình và gửi Đơn tố cáo ông Nguyễn Khắc Thủy tại Công an Phường Nguyễn An Ninh (TP Vũng Tàu) nhưng sau đó lá đơn của nhân chứng ViJay được cho là "thất lạc", không tìm thấy.
Sau khi mẹ bé T. làm đơn tố cáo Nguyễn Khắc Thủy và truyền thông vào cuộc, đã có thêm vài em bé đứng ra tố cáo Thủy đã có các hành vi xâm hại các em nhiều lần.
Tháng 8/2016, Cơ quan Cảnh sát Điều tra CA TP Vũng Tàu ra quyết định khởi tố vụ án Dâm ô trẻ em.
Tháng 2/2017, Hãng luật GOLD KEY đã gửi Thư cầu cứu khẩn thiết tới Chủ tịch nước Trần Đại Quang về vụ việc nghiêm trọng này.
Ngày 27/3/2017, ông Nguyễn Quang Long, Chánh văn phòng Viện KSND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu xác nhận vào lúc 16h30 cùng ngày, Viện KSND TP Vũng Tàu đã phê chuẩn quyết định khởi tố bị can đối với ông Nguyễn Khắc Thủy. Cơ quan CSĐT Công an TP Vũng Tàu tiếp tục điều tra về hành vi dâm ô với trẻ em.
Kết luận điều tra của Cơ quan Điều tra Công an TP Vũng Tàu cho biết: "Trong quá trình điều tra, bị can Nguyễn Khắc Thủy không chịu nhận tội đã gây ra rất nhiều khó khăn cho công tác điều tra. Tuy nhiên, căn cứ vào tài liệu, chứng cứ đã thu thập được đã đủ căn cứ để buộc tội Thủy. Việc Thủy không nhận tội không ảnh hưởng đến việc xác định hành vi phạm tội của Thủy, không ảnh hưởng đến việc kết luận điều tra vụ án. Đề nghị Viện Kiểm sát Nhân dân TP Vũng Tàu, Tòa án Nhân dân TP Vũng Tàu xét xử hành vi phạm tội của Thủy thật nghiêm minh theo quy định của pháp luật".
Kết luận điều tra của Cơ quan Điều tra Công an TP Vũng Tàu đã liệt kê ra 4 trường hợp cụ thể. Tuy nhiên, theo Cơ quan điều tra, với các căn cứ vào tài liệu, các chứng cứ thu thập được trong quá trình điều tra có đủ căn cứ để xác định bị can Nguyễn Khắc Thủy đã có hành vi dâm ô đối với cháu T.H.A và cháu N.A.D. Riêng đối với các vụ việc khác, trong đó có bé T.N.T, con gái của chị Trần Thị Thu Thủy, cơ quan điều tra "xét thấy chưa đủ chứng cứ để buộc tội Nguyễn Khắc Thủy nên cơ quan điều tra đã tách riêng để tiếp tục điều tra, nếu thu thập được thêm chứng cứ sẽ xem xét, xử lý sau theo quy định của pháp luật".
Tại phiên toà sơ thẩm ngày 17/11/2017, HĐXX TAND TP Vũng Tàu công bố bản án dành cho bị cáo Nguyễn Khắc Thủy với mức án 3 năm tù giam về tội Dâm ô đối với trẻ em. Tuy nhiên, trong phiên tòa phúc thẩm diễn ra vào sáng ngày 11/5/2018, TAND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu đã chỉ chấp nhận 1 phần bản án của TAND TP Vũng Tàu. Theo đó, HĐXX cho rằng chưa đủ cơ sở để xác định bị cáo Nguyễn Khắc Thủy đã có hành vi dâm ô đối với cháu T.H.A. HĐXX chấp nhận xác định tội danh bị cáo Nguyễn Khắc Thủy dâm ô đối với trẻ em ở trường hợp cháu N.A.D.
TAND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu đã tuyên Nguyễn Khắc Thủy 18 tháng tù cho hưởng án treo, thử thách 36 tháng. Ngay sau khi phiên tòa kết thúc, làn sóng phản đối của dư luận đẩy lên mạnh mẽ.