Thủ tướng Chính phủ giao UBND tỉnh An Giang chủ trì, phối hợp với Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh và các cơ quan liên quan chỉ đạo Trường Đại học An Giang tổ chức thực hiện bàn giao nhân sự, bộ máy tổ chức, tài chính tài sản của Trường Đại học An Giang cho Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh quản lý, tổ chức hoạt động theo quy định của pháp luật hiện hành.
Trường Đại học An Giang được thành lập theo Quyết định số 241/1999/QĐ-TTg ngày 30/12/1999 của Thủ tướng Chính phủ và khai giảng năm học đầu tiên ngày 9/9/2000. Xây dựng trên cơ sở Trường Cao đẳng Sư phạm An Giang, Trường Đại học An Giang là cơ sở đào tạo công lập trong hệ thống các trường đại học Việt Nam, chịu sự quản lý chuyên môn của Bộ Giáo dục và Đào tạo, đồng thời chịu sự quản lý trực tiếp của UBND tỉnh An Giang.
Trường có nhiệm vụ đào tạo trình độ đại học, phục vụ nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh An Giang và khu vực Đồng bằng sông Cửu Long. Ngoài ra Trường còn có nhiệm vụ nghiên cứu, ứng dụng và chuyển giao công nghệ trong Vùng.
Nhà trường xác định nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ là nhiệm vụ then chốt. Cho đến nay, Trường đã thực hiện 129 dự án nghiên cứu có sự tài trợ kinh phí của các tổ chức, viện trường trong và ngoài nước. Mỗi năm, hàng trăm đề tài, dự án nghiên cứu trong nước và quốc tế được triển khai và thành quả là các kết quả nghiên cứu được chuyển giao ứng dụng và công bố, được cộng đồng các nhà khoa học trong và ngoài nước đánh giá cao...