Theo Bộ Công an, để tiếp tục điều tra các hành vi sai phạm liên quan đến vụ án: Nguyễn Minh Hùng, Võ Mạnh Cường cùng đồng phạm buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh” xảy ra tại Công ty VN Pharma ở TPHCM và các tỉnh, thành phố khác, Cơ quan An ninh điều tra đã ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự: “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng xảy” ra tại Cục Quản lý Dược và các cơ quan, đơn vị có liên quan. Đây là các đơn vị liên quan đến việc thẩm định, xét duyệt, cấp phép và cho thông quan nhập khẩu đối với các thuốc chữa bệnh mang nhãn mác Công ty Helix Canada và nhãn mác Công ty Health 2000 Canada, theo quy định tại Điều 360 Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017.
Hiện vụ án đang được Cơ quan An ninh điều tra tiến hành điều tra, làm rõ theo quy định của pháp luật.
Trước đó, ngày 16/9, Thanh tra Chính phủ cũng đã ban hành thông báo kết luận thanh tra về việc cấp giấy phép nhập khẩu, giấy đăng ký lưu hành đối với 10 loại thuốc của Công ty Helix, cấp giấy phép hoạt động cho Công ty Helix và việc trúng các thầu cung cấp thuốc cho các BV của Công ty Cổ phần VN Pharma.
Thanh tra Chính phủ đã chỉ ra 4 sai phạm, tồn tại lớn của Bộ Y tế trong việc để xảy ra những sai phạm liên quan đến cấp phép nhập khẩu thuốc của công ty Helix và việc trúng thầu cung cấp thuốc cho các BV của VN Pharma.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ kiểm điểm trách nhiệm lãnh đạo Bộ Y tế để xảy ra những tồn tại, vi phạm đã nêu. Đồng thời, kiến nghị Bộ Y tế chỉ đạo Cục Quản lý dược và Vụ Kế hoạch Tài chính của Bộ tổ chức kiểm điểm, có biện pháp xử lý đối với tập thể, cá nhân có liên quan.
Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị Bộ Y tế chỉ đạo kiểm điểm và có biện pháp xử lý đối với tập thể, cá nhân có liên quan đến việc cho phép nhập khẩu 9.300 hộp thuốc H-Capita Caplet 500mg của Công ty Austin Hong Kong vào Việt Nam ngày 11/4/2014, trong khi giấy phép hoạt động về thuốc và nguyên liệu làm thuốc của Công ty này đã hết hạn từ ngày 06/10/2013.
Thanh tra Chính phủ cũng chuyển Kết luận thanh tra sang Uỷ ban Kiểm tra Trung ương để xem xét, xử lý theo thẩm quyền. Mặt khác, Thanh tra Chính phủ chuyển Kết luận thanh tra đến Cơ quan An ninh điều tra (Bộ Công an) đế có thêm thông tin, tài liệu phục vụ cho công tác điều tra.