Ngày 23/9, Thanh tra Chính phủ đã công bố Quyết định số 656 của Tổng Thanh tra Chính phủ về việc Thanh tra việc sử dụng Quỹ BHYT; mua sắm trang thiết bị y tế và vật tư tiêu hao; đấu thầu thuốc chữa bệnh tại Bộ Y tế, BHYT và một số BV thuộc Bộ này, cũng như tại một số Sở Y tế địa phương.
Thời kỳ thanh tra trong giai đoạn từ ngày 1/1/2014 đến 31/12/2018; thời hạn thanh tra là 80 ngày làm việc thực tế, kể từ ngày công bố quyết định thanh tra.
Cùng với quyết định thanh tra trên, Tổng thanh tra Chính phủ cũng ban hành Quyết định số 661/QĐ-TTCP về lập Tổ giám sát hoạt động đoàn thanh tra theo Quyết định 656/QĐ-TTCP.
Trước đó, Thanh tra Chính phủ cũng đã công bố kết luận thanh tra về việc Công ty VN Pharma trúng các gói thầu cung cấp thuốc cho các BV sai quy trình cấp giấy phép nhập khẩu, giấy phép hoạt động, giấy đăng ký lưu hành đối với 10 loại thuốc của Công ty Helix.
Theo đó, Thanh tra Chính phủ đã chỉ ra 4 sai phạm, tồn tại lớn của Bộ Y tế trong việc để xảy ra những sai phạm liên quan đến cấp phép nhập khẩu thuốc của công ty Helix và việc trúng thầu cung cấp thuốc cho các BV của VN Pharma.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ kiểm điểm trách nhiệm lãnh đạo Bộ Y tế để xảy ra những tồn tại, vi phạm đã nêu. Đồng thời, chuyển Kết luận thanh tra sang Uỷ ban Kiểm tra TƯ để xem xét, xử lý theo thẩm quyền. Mặt khác, Thanh tra Chính phủ chuyển Kết luận thanh tra đến Cơ quan An ninh điều tra (Bộ Công an) đế có thêm thông tin, tài liệu phục vụ cho công tác điều tra.
Ngay sau đó, Cơ quan An ninh điều tra (Bộ Công an) đã ra Quyết định khởi tố vụ án “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” xảy ra tại Cục Quản lý dược (Bộ Y tế) và các cơ quan, đơn vị có liên quan trong việc thẩm định, xét duyệt, cấp phép và cho thông quan nhập khẩu đối với các thuốc chữa bệnh mang nhãn mác Công ty Helix Canada và nhãn mác Công ty Health 2000 Canada”.