Báo cáo mới nhất của Ủy ban an toàn giao thông quốc gia Indonesia cho biết, lúc 6h22' sáng 29/11 (theo giờ địa phương) tức chỉ 2 phút sau khi cất cánh, phi hành đoàn của chuyến bay đã yêu cầu đài kiểm soát không lưu tại sân bay Jakarta cho phép nâng độ cao từ khoảng 500m lên 1.500m do gặp vấn đề về kiểm soát bay. Yêu cầu này đã được chấp nhận, song máy bay đã bị rơi 11 phút sau đó.
Theo Tổng cục vận tải hàng không Indonesia, phi hành đoàn của máy bay cũng đã yêu cầu quay trở về Jakarta trước khi máy bay mất liên lạc với trạm kiểm soát không lưu. Người phát ngôn của cơ quan hàng không Indonesia Yohanes Sirait cho biết: "Trạm kiểm soát không lưu chấp nhận yêu cầu đó song đã bị mất liên lạc với máy bay".
Dữ liệu ban đầu từ trang mạng Flightradar 24 cho thấy máy bay đã thay đổi độ cao liên tục trước khi mất liên lạc. Khoảng 2 phút sau khi cất cánh, máy bay đạt độ cao 610m, sau đó giảm xuống còn 152 m trước khi tăng lên 1.524m và giữ độ cao này phần lớn thời gian sau đó. Tuy nhiên, máy bay bắt đầu tăng vận tốc ở những phút cuối và đạt 639 km/h trước khi mất liên lạc khi ở độ cao 1.113m.
Trên thực tế, việc chiếc Boeing 737 MAX 8 có vấn đề về kỹ thuật cũng đã được đề cập từ trước khi chuyến bay khởi hành. Theo ông Edward Sait - CEO của hãng Lion Air, tối 28/10, phi công của chiếc máy bay này khi đó đang trên hành trình từ Denpasar tới Jakarta đã báo cáo máy bay gặp một vấn đề kỹ thuật. Tuy nhiên, quan chức này nhấn mạnh các kỹ sư đã khắc phục được sự cố và đảm bảo máy bay hoàn toàn an toàn khi cất cánh vào sáng 29/10.
Trong sáng 30/10, lực lượng cứu hộ Indonesia tiếp tục tìm thêm được nhiều phần thi thể nạn nhân và nhiều hiện vật liên quan ở khu vực máy bay rơi.Tuy nhiên, khả năng tìm thấy người sống sót đã bị loại trừ do tác động từ cú đâm xuống vùng biển sâu 30-40 mét ở khu vực ngoài khơi đảo Java của Indonesia là quá mạnh.
Người phát ngôn của cơ quan tìm kiếm và cứu hộ Indonesia Yusuf Latif nêu rõ: "Chúng tôi đặt mục tiêu hàng đầu là tìm kiếm mảnh vỡ của máy bay, theo đó đã sử dụng 5 tàu chiến được trang bị hệ thống phát hiện kim loại dưới nước". Hiện lực lượng cứu hộ cũng chưa thể trục vớt hộp đen của chiếc máy bay, dù các thông tin trước đó cho biết đã xác định được vị trí của các thiết bị ghi lại âm thanh từ buồng lái cũng như dữ liệu chuyến bay này.
Theo Ủy ban an toàn giao thông quốc gia Indonesia, có 178 hành khách là người trưởng thành, 1 trẻ nhỏ và 2 trẻ sơ sinh, 2 phi công cùng 6 thành viên phi hành đoàn trên chuyến bay định mệnh JT 610. Trong số các nạn nhân có 20 người hiện làm việc cho Bộ Tài chính Indonesia và cựu tay đua xe đạp chuyên nghiệp người Italy Andrea Manfredi.