Trước đó, Cơ quan Cảnh sát Điều tra - Công an TPHCM đã có Kết luận điều tra bổ sung vụ án. Sau khi xem xét lại toàn bộ lời khai, chứng cứ và những tài liệu liên quan đến vụ án, Công an TPHCM nhận định hành vi của các bị can có dấu hiệu của Điều 267 Bộ Luật Hình sự năm 1999 về tội "Làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức"; nhưng có thể miễn trách nhiệm hình sự theo quy định của Bộ luật Hình sự năm 2015. Do vậy Cơ quan Cảnh sát Điều tra - Công an TPHCM đề nghị miễn trách nhiệm hình sự đối với hai bị can Nga và Dung.
Sau khi nghiên cứu hồ sơ, Viện Kiểm sát nhân dân TPHCM quyết định trả hồ sơ vụ án cho Công an TPHCM. Tại Quyết định trả hồ sơ, Viện Kiểm sát nhân dân TPHCM cho rằng nhận định của Công an TPHCM về việc chuyển tội danh là có căn cứ, tuy nhiên cần thận trọng khi miễn trách nhiệm hình sự đối với hai bị can này.
Theo Viện Kiểm sát nhân dân TPHCM, tài liệu, chứng cứ thu thập được chứng minh Phương Nga đã có hành vi sử dụng tài liệu "Di chúc" được đóng bằng con dấu giả của doanh nghiệp tư nhân khách sạn Phi Phi Vũ Trâm Anh để nộp cho cơ quan điều tra. Nội dung bản di chúc là bà Lương Thị Kim Phi - chủ căn nhà số 7 Nguyễn Trãi, quận 1 - để lại di sản thừa kế cho ông Nguyễn Văn Yên. Sau đó, ông Yên mua bán căn nhà với Phương Nga, Thùy Dung để đối phó với công an.
Cơ quan điều tra xác định thời điểm tạo lập văn bản thỏa thuận mua bán căn nhà số 7 Nguyễn Trãi là sau thời điểm ông Cao Toàn Mỹ chuyển tiền lần cuối vào ngày 4-11-2013. Hơn nữa, Phương Nga và Thùy Dung thừa nhận có nhận 16,5 tỷ đồng do ông Mỹ chuyển; cho biết là người tạo dựng các giấy tờ giả với nội dung chuyển nhượng di sản thừa kế (nhưng thời điểm tạo dựng là sau khi đã nhận tiền và bị ông Mỹ tố giác lừa đảo), tạo ra các tài liệu giả về việc đã trả lại 16,5 tỷ đồng cho ông Mỹ. Tuy nhiên, do Phương Nga và Thùy Dung đều thừa nhận chưa trả tiền cho ông Mỹ nên chưa thể quy kết dấu hiệu gian dối nhằm mục đích chiếm đoạt tài sản.
Viện Kiểm sát nhân dân TPHCM cho rằng theo Bộ luật Hình sự 2015 về tội “Làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan tổ chức”, nếu Nga và Dung bị xử lý theo khoản 1 tội danh này thì mức án của khung hình phạt cao nhất chỉ 2 năm tù. Trong khi đó, Nga và Dung đã bị tạm giam 2 năm 3 tháng là vượt quá mức hình phạt cao nhất quy định tại điều khoản này. Chính vì vậy, viện kiểm sát đề nghị cơ quan điều tra thận trọng xem xét miễn trách nhiệm hình sự đối với hai bị can này.